Во многих случаях с лекарствами взаимодействует кофеин, но другие компоненты кофе тоже играют свою роль. Исследования показывают, что более десятка лекарственных средств, включая антидепрессанты, эстрогенные препараты, средства от остеопороза и для лечения щитовидной железы, могут менять своё влияние под воздействием кофе.
Проведённое в 2008 году исследование показало, что у людей, пивших кофе незадолго до или после приёма левотироксина (тиреоидного гормона), всасываемость препарата ухудшалась на 55%. Результаты других работ свидетельствуют о том, что кофе может уменьшать всасываемость алендроната (ингибитора костной резорбции) на 60%. Кроме того, доказано, что кофе способен снижать уровень циркулирующих в организме женщины гормонов, включая эстроген.
При этом некоторые лекарства, выписываемые по рецепту, могут усиливать эффекты кофе и других кофеинизированных напитков. Эти препараты, в числе которых антидепрессанты, антибиотики и оральные контрацептивные средства, блокируют фермент CYP1A2, помогающий в усвоении кофеина. Как следствие, кофеин может оставаться в организме дольше, чем обычно. Экспериментальным путём установлено, что в организме женщин, принимающих противозачаточные таблетки, кофеин задерживается на четыре часа дольше, чем у их ровесниц.