Главная задача проекта — создание карты связей нейронов в центральной нервной системе мыши. Для этого исследователи проводят инъекции красителей в различные области мозга, после чего нарезают его на микроскопические слои толщиной в 20 микрометров. В работе используются несколько видов красителей: как классические, так и основанные на вирусах. Окрашенные срезы сканируют под микроскопом и для каждого из них получают изображение разрешением около одного гигапикселя. Мозг мыши дает более полутысячи таких срезов.
Авторы проекта выложили полученные изображения в открытый доступ, надеясь, что эта информация может пригодиться другим ученым. Фотографии собраны в своеобразный атлас и снабжены системой навигации, увеличения и уменьшения изображений, позволяющей рассмотреть как мозг в целом, так и его отдельные клетки.
«Виртуальный микроскоп» также снабжен вспомогательными сведениями о нейроанатомии. Создатели проекта считают, что такая форма подачи информации привлечет к работе не только ученых, но и энтузиастов науки.
В настоящий момент существует еще несколько проектов, которые ставят своей целью получение подробной информации о строении мозга. Например, проект Нейробиологического института Аллена по созданию атласа (Allen Brain Atlas) сосредоточен на исследовании локализации места работы различных генов в мозге. Проект «Коннектом Человека» призван картировать все связи в мозге здорового человека с помощью диффузионной МРТ. Эта технология позволяет получить прижизненную информацию о нервной системе, но пока не позволяет рассмотреть отдельные нейроны.